Kelurahan Jongaya berasal dari kata "JONGAYA" yang berarti binatang rusa (jonga). Konon wilayah Kelurahan Jongaya dahulu adalah kawasan tempat tinggal para raja, yakni Raja Gowa, Bone, dan Luwu. Serta sebagian dari kawasan itu adalah tempat berlatih ketangkasan para raja dan putra-putranya, yakni dengan berburu rusa. Karena tempat tersebut terdapat banyak rusa (jonga), maka disebutlah kampung itu sebagai Kampung Jongaya.

Dalam wilayah Jongaya terdapat beberapa tempat yang dikenal sebagai Kampung Kawah sebagai tempat berkeliarannya para rusa milik raja, Ada juga Kampung Balang Boddong sebagai tempat minum kuda dan rusa para raja, dan Kampung Pedda sebagai tempat makan para kuda dan rusa para raja. Setelah terjadi pemekaran kelurahan pada tahun 1990 sampai 1993, Kampung Pa'baeng-Baeng terpisah dari Kelurahan Jongaya menjadi Keluruhan Pabaeng-Baeng dan Kampung Balang Boddong menjadi Kelurahan Bongaya.

Di Kelurahan Jongaya terdapat nama kampung Kawah yang masih digunakan oleh masyarakat, yang artinya kampung yang dikelilingi dengan pagar kawat. Kawasan tersebut adalah tempat berkeliarannya rusa-rusa milik raja, sehingga untuk keamanan rusa tersebut maka kerajaan memagari dengan kawat, sehingga sampai hari ini wilayah tersebut masih melekat dengan nama Kampung Kawa'.

Kelurahan ini memiliki luas wilayah 0,51 km² yang terdiri dari 55 RT dan 13 RW dengan Jumlah Penduduk yang tercatat sekitar 15.262 Jiwa,Sebelah utara Kelurahan Jongaya berbatasan langsung dengan Kelurahan Pa'baeng-baeng dan Kelurahan Bongaya,Sebelah Selatan Berbatasan dengan Kelurahan Balang baru, dan sebelah Barat berbatasan dengan Kelurahan Karang Anyar Kecamatan Mamajang, dan Sebelah Timur Berbatasan dengan Kelurahan Bontoduri. terdapat 15 Fasilitas Pendidikan dan 11 Sarana Ibadah.